一方面，企业对市场需求反应最灵敏，对技术升级意愿最强烈，是融通“四链”、协同产学研的关键桥梁。强化创新链支撑产业链，要充分发挥创新企业尤其是科技领军企业的“链主”作用，支持“链主”勇担国家重大科技战略项目；通过“领军企业出题、科研机构答题”等模式，推行“订单式”研发，产出更多符合产业需求的专利。促进资金链对接产业链，要引导社会资金“投早投小投科技”。对于较难获得银行信贷的初创型科技企业，完善天使资本、风投资本及产业资本退出机制，提高国有投资基金的容错率，发展多层次资本市场。
但是，如果“四链”之间存在不同程度脱节，势必会影响企业创新主体作用的发挥。比如，科研供给与产业需要不够匹配。一边是国内发明专利有效量高居世界第一，一边是高校专利产业化率远低于国际先进水平。二者的落差表明，相当一部分创新要素未能顺畅地进入产业部门，带来生产率水平的实质提升。
“四链”融合问题，也是各链条生产要素如何高效配置的问题。配置资源的机制不健全，要素自然难流通。打通堵点的关键，在于充分发挥市场在资源配置中的决定性作用，同时更好发挥政府作用，善用有效市场和有为政府“两只手”。
另一方面，建立以企业为主体的创新体系，并不代表政府“放手”。恰恰相反，政府要千方百计为具备创新能力的企业创造利用要素的条件，完善激励等机制。比如，基础研究领域公共属性明显，更有赖于政府投入；引导企业前瞻部署基础研究，也需完善“政府+企业”多元投入机制。又如，中小企业普遍缺乏突破行业关键共性技术的能力与资金，需由政府引领搭建共性技术平台。
热东京软件现代经济增长历程表明，技术、资金、人才等要素是决定增长的内生变量。而最大化聚集并释放出要素活力，企业是天然载体。从这个意义看，推进“四链”深度融合，就是让各类创新要素在全国统一大市场中充分流动，并向企业集聚，畅通从科技强到企业强、经济强的通道。
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